Le golfe du Saint-Laurent comprend plusieurs larges îles, dont l'île d'Anticosti, l'île du Prince-Édouard et les îles de la Madeleine. L'île Saint-Paul, au large de l'île du Cap-Breton, est surnommée le cimetière du golfe, en souvenir des nombreux naufrages qui s'y sont produits. L'île Bonaventure près de la Gaspésie ainsi que l'île Brion et les "rochers aux oiseaux" au nord-est des îles de la Madeleine sont d'importants refuges d'oiseaux migrateurs entretenus par le service canadien de la faune.